Заседание комиссии по ЧС в Ишиме 6 июля 2016 принято решение отменить режим чрезвычайной ситуации, введённого в апреле из-за подтопления жилых домов.
Санитарно-эпидемиологическую обстановку контролировал Роспотребнадзор по Тюмени и Тюменской области. Ведомство реализовало все необходимые меры в период паводка, после него и в период ликвидации его последствий. Руководитель Управления Галина Шарухо работала в зонах подтопления в составе оперативного штаба, который возглавил губернатор Тюменской области Владимир Якушев.
В период паводка население подтопленных территорий прошли вакцинацию – против гепатита А вакцинировали 7265 челоаек, против туляремии – 15302. Воду обеззараживали путём гиперхлорирования, всего было исследовано 3704 пробы.